À la suite de la mort du pape Victor III le 16 septembre 1087, Odon de Lagery fut élu pape sous le nom d’Urbain II le 12 mars 1088. Son élection eut lieu non pas à Rome mais à Terracine, au sud de la ville, car Rome était alors contrôlée par l’antipape Clement III, installé avec le soutien de l’empereur du Saint-Empire romain germanique Henry IV dans le contexte de la Querelle des Investitures. Ce conflit prolongé portait sur la question de savoir si les souverains séculiers ou la papauté détenaient l’autorité de nommer les évêques et les hauts dignitaires ecclésiastiques.

Urbain II fut un partisan résolu du pape Gregory VII et de la Réforme grégorienne ⓘ ⓘ, mouvement visant à restaurer la discipline du clergé, à imposer le célibat ecclésiastique et à affirmer l’indépendance de l’Église face au pouvoir séculier. Son élection représenta donc la continuité du programme réformateur de Grégoire VII et un défi direct à l’ingérence impériale dans les affaires ecclésiastiques. Pendant plusieurs années, Urbain ne contrôla pas effectivement Rome. Il gouverna par l’intermédiaire de synodes, de légats et d’alliances diplomatiques, consolidant progressivement son autorité auprès d’un clergé et de princes favorables à la réforme en Europe occidentale.

Le pontificat d’Urbain II atteignit sa portée historique la plus durable lors du concile de Clermont, le 27 novembre 1095. Répondant à l’appel de l’empereur byzantin Alexius I Comnenus, qui sollicitait une aide contre les Turcs seldjoukides, Urbain exhorta les chevaliers d’Occident à porter assistance à l’Église d’Orient. Son discours, conservé dans plusieurs récits postérieurs, promettait des récompenses spirituelles aux participants et présentait l’expédition comme une entreprise pénitentielle. Cet appel marqua le point de départ de ce que l’on nommera plus tard la Première Croisade.

Si le mouvement de croisade prit des formes et des conséquences dépassant les intentions initiales d’Urbain, son rôle dans sa proclamation plaça la papauté au centre d’une vaste entreprise religieuse et militaire internationale. Parallèlement, il poursuivit la réforme de l’Église latine, nommant des évêques fidèles, renforçant l’action des légats pontificaux et affaiblissant la position de l’antipape Clément III.

Urbain II mourut à Rome en 1099, peu après la prise de Jérusalem par les croisés, sans toutefois avoir reçu la nouvelle de la chute de la ville. Il fut béatifié en 1881 par le pape Leo XIII. Sa fête est célébrée le 29 juillet.